8月3日からの大雨の影響で鉄道にも大きな被害が出ており、一部不通になっている。国土交通省が8月5日10時時点の情報としてまとめたところによると、4事業者16路線で運転を見合わせている。施設被害が発生している鉄道路線の区間は次の通り。
●JR東日本
津軽線 大平～津軽二股（青森県） 道床流出
奥羽本線 下川沿～大館（秋田県） 盛土流出
奥羽本線 置賜～高畠（山形県） 盛土流出
磐越西線 喜多方～山都（福島県） 橋梁倒壊
米坂線 羽前椿～手ノ子（山形県） 橋梁倒壊
五能線 大間越～白神岳登山口（青森県） 橋梁被害
●IGRいわて銀河鉄道
いわて銀河鉄道線 御堂～小鳥谷（岩手県） 道床流出
奥羽本線の秋田以北といわて銀河鉄道線が一部不通になったことで、本州と北海道を結ぶ貨物輸送ルートも寸断されている。
JR貨物が8月4日に発表したところによると、東北本線・いわて銀河鉄道線・青い森鉄道線の盛岡貨物ターミナル～八戸貨物や奥羽本線の秋田貨物～大館、白新線・羽越本線の新潟貨物ターミナル～酒田、北陸本線・IRいしかわ鉄道線の南福井～金沢貨物ターミナルで貨物列車が運休中。運転再開の見込みは立っていないという。
IGRいわて銀河鉄道が8月4日に発表したところによると、復旧・運転再開には数日かかる見込み。
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