能登半島地震の影響で運休している鉄道路線のうち、施設の被害が比較的軽微だった新潟県・富山県の線区は1月6日中に再開の見通しになった。一方で石川県の能登半島の線区は大きな被害が発生している模様で、再開のめどは立っていない。
JR東日本によると、越後赤塚～関屋が運休中の越後線は1月6日昼ごろの再開を目指しているという。同線区が再開するとJR東日本の路線は全線再開となる。
JR西日本では大糸線・南小谷～糸魚川、氷見線・高岡～氷見、七尾線・高松～和倉温泉が運休している。同社によると、大糸線は1月6日午後以降に再開の予定で、氷見線は1月6日始発から再開の予定。このほか、氷見線から分岐するJR貨物の貨物線（新湊線）は定期列車は運行されてないが、氷見線の再開にあわせて1月6日から運行できる状態になる。
JR七尾線は高松～羽咋で早期の再開を目指しているが、余震による新たな変状も発生しているといい、再開には少なくとも1月5日から2週間以上かかる見込み。羽咋～和倉温泉は線路設備の被害が大きく、再開の見込みは立っていないという。
のと鉄道の七尾線・七尾～穴水でも大きな被害が発生している。のと鉄道は1月5日、被害概況を発表。「線路の湾曲や線路上の土砂災害、各駅施設にも大きな被害が確認されており、復旧の見込みがたっておりません」としている。国土交通省によると、鉄道・運輸機構が鉄道災害調査隊の出動を決定。1月9日から、のと鉄道の被害状況を調査する予定だ。
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