能登半島地震の影響で運転を見合わせていた上越新幹線は1月2日14時38分までに全線の運行を再開。北陸新幹線も1月2日15時20分までに全線の運行を再開した。
《続報記事》
・能登半島地震の鉄道運休区間、2線区の再開めど立たず（2024年1月4日6時50分）
JR在来線や私鉄、第三セクター鉄道なども順次運行を再開しているが、一部の線区は施設に被害が発生しており、再開までには時間がかかる見通しだ。
国土交通省や鉄道各社局によると、1月3日の運休予定線区は次の通り（1月3日4時30分時点まとめ）。これ以外の線区でも列車の一部運休や遅れが発生する場合がある。
JR東日本
越後線：越後赤塚～関屋 ※内野～新潟大学前で道床が陥没 ※1月6日昼ごろからの再開を目指す
JR西日本
大糸線：南小谷～糸魚川 ※線路設備に被害 ※少なくとも1月7日まで終日運休
高山本線：猪谷～富山 ※1月3日は猪谷19時02分発、富山18時30分発から再開予定
氷見線：高岡～氷見 ※線路設備に被害 ※少なくとも1月5日まで終日運休
七尾線：高松～和倉温泉 ※羽咋駅でホーム損傷などの情報あり ※1月3日は終日運休 ※再開見込み立っていない ※津幡～高松も1月3日はほぼ全面的に運休
あいの風とやま鉄道
あいの風とやま鉄道線：倶利伽羅～高岡 ※倶利伽羅～石動でレール損傷などの情報あり ※1月3日午後以降の再開見込み
富山地鉄
立山線：岩峅寺～立山 ※落石のおそれあるため施設点検で安全確認後に再開予定
IRいしかわ鉄道
IRいしかわ鉄道線：津幡～倶利伽羅 ※1月3日午後以降の再開見込み
のと鉄道
七尾線：七尾～穴水 ※穴水駅でレール損傷などの情報あり
北陸鉄道
浅野川線：北鉄金沢～内灘 ※1月3日は運休