能登半島地震の影響による運休区間は、1月4日朝の時点で3社5線区に縮小した。このうち3線区は再開のめどが立ったが、能登半島方面のJR七尾線の一部と、のと鉄道は再開のめどが立ってない。
国土交通省や鉄道各社局によると、1月4日朝の運休区間は次の通り（1月4日6時50分時点まとめ）。これ以外の線区でも列車の一部運休や遅れが発生する場合がある。
JR東日本
越後線：越後赤塚～関屋 ※内野～新潟大学前で道床が陥没 ※1月6日昼ごろからの再開を目指す
JR西日本
大糸線：南小谷～糸魚川 ※線路設備に被害、頸城大野～根知でレール損傷 ※1月6日午後以降の再開予定
氷見線：高岡～氷見 ※線路設備に被害、能町～伏木で路盤損傷 ※1月6日始発から再開予定
七尾線：高松～和倉温泉 ※複数の場所で線路設備に被害、羽咋駅でホーム損傷など ※再開めど立たず
のと鉄道
七尾線：七尾～穴水 ※穴水駅でレール損傷など ※再開めど立たず