6月29日からの大雨で被災した線区のうち、JR九州の久大本線は7月20日に全線再開。JR西日本の山陽本線・小野田～厚狭は7月21日の始発から再開した。越美北線は7月29日に再開予定。
JR東日本は奥羽本線と五能線で8月中の再開のめどが立った一方、北上線で新たに線路施設の被害が確認された。
おもな運休区間は次の通り（2023年7月21日7時30分時点）。これ以外にも一部列車の運休や遅れが発生している場合がある。
JR東日本
奥羽本線：大曲～和田
・羽後境～大張野で盛土流出や架線柱傾斜
・線路が隣接して並行している秋田新幹線は影響なし（7月20日再開）
・大曲～秋田で代行バス運行中
・8月初めごろの再開目指す
五能線：能代～深浦
・鳥形～沢目や岩館～大間越で盛土流出
・代行輸送は実施せず
・8月中旬ごろの再開目指す
北上線：ほっとゆだ～横手
・ほっとゆだ～ゆだ高原の法面の一部が約30mにわたり崩壊。
・復旧方法を検討中で復旧見込みは立っていない
・代行輸送は実施せず
JR西日本
越美北線：美山～九頭竜湖
・越前薬師～越前大宮や計石～牛ケ原など6カ所で路盤流出や土砂流入
・美山～越前大野で代行バス運行中
・7月29日に全線再開予定
美祢線：厚狭～長門市
・四郎ケ原～南大嶺の橋脚流出や信号設備の被害など
・復旧の見通し立っておらず
・代行バス運行中
山陰本線：長門市～小串
・長門粟野～阿川の橋脚傾斜など
・復旧の見通し立っておらず
・代行バス運行中
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