台風2号（6月3日15時、温帯低気圧に変化）による6月2～3日の大雨により、各地の鉄道路線で大きな被害が発生している。国土交通省が6月3日14時時点の情報として公表したところによると、11事業者20路線で運転を見合わせている。
土佐くろしお鉄道の中村線では、土佐白浜～有井川で列車が土砂に乗り上げて脱線。JR西日本の和歌山線では路盤が流出した。和歌山電鉄の貴志川線では車庫が冠水するなどの被害が発生。近鉄吉野線や南海高野線でも土砂流入などの被害が発生したという。
JR東海によると、飯田線で大きな被害が発生している。三河東郷駅と平岡駅、金野～千代で土砂流入が発生。本長篠駅では線路設備の一部で変状が発生している。6月3日21時14分時点の同社の運行情報によると、同線は豊川～天竜峡で運転を見合わせている。
JR東海が6月3日21時06分までに発表した飯田線の今後の運行計画によると、豊川～新城は6月4日始発から運行を再開する予定。平岡～天竜峡は6月5日始発からの運行再開を予定している。新城～平岡は再開時期のめどを示していない。特急「伊那路」は6月6日までの全列車運休が決まった。バスによる代行輸送は現時点では行う予定がないという。
被害が確認されていない路線でも、一部で運転見合わせや列車の遅れが発生している。JR東海の6月3日21時33分時点の運行情報によると、東海道新幹線は同日12時から順次運転を再開したが、下り列車を中心に遅れが発生しているという。
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