JR九州は9月29日、台風14号の影響で運転を見合わせている各線のうち、久大本線と肥薩線、吉都線の運転を10月3日までに再開すると発表した。
久大本線・豊後森～由布院（大分県）と肥薩線・吉松～隼人（鹿児島県）は10月2日の始発から運転を再開。吉都線（鹿児島県・宮崎県）も10月3日の始発から運転を再開する。日南線・南郷～志布志（宮崎県・鹿児島県）は再開のめどが立っていない。
久大本線に乗り入れる博多～由布院の観光列車「或る列車」は10月7日の便から再開し、10月2・3日は運休する。また、肥薩線の八代～吉松（熊本県・宮崎県・鹿児島県）は2020年の水害による運休が続いており、一部区間で代行タクシーが運行されている。
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