JR九州は8月19日、大雨による各線の被害状況などを発表した。久大本線は甚大な被害が発生しており、復旧のめどは立っていない。冠水の被害が大きかった佐世保線は全線再開のめどがついた。
同社によると8月11～17日の7日間、九州内の21路線で運転を見合わせた。このうち15路線の計128カ所で被災。約6200本の列車が運休し、約38万人に影響した。
久大本線（福岡県・大分県）は8月12日の昼頃から、大雨の影響で大分県内の日田～由布院間で運転を見合わせた。このうち豊後森～由布院間は8月18日の始発から運転を再開。残る日田～豊後森間は8月23日から代行バスを運転する。
日田～豊後森間では、第10玖珠川橋りょう（杉河内～北山田）で線路のゆがみが発生。斜面崩壊や道床流出のほか、豊後中川～天ケ瀬間の第4玖珠川橋りょうで橋脚周辺の護岸損傷が確認されるなど、甚大な被害が発生している。日田～豊後森間の復旧の見通しは立っていないという。
佐世保線は8月13日から肥前山口～佐世保間で運転を見合わせ。8月16日の始発列車から早岐～佐世保間で運転を再開し、武雄温泉～早岐間も8月19日に運転を再開した。
残る肥前山口～武雄温泉間は、大町・北方・高橋の3駅で浸水により信号装置などの電気設備が被災。北方駅では雨規制により運転見合わせとなった特急「みどり」が線路上から約1.6mの高さまで浸水した。ほかにも、冠水による踏切設備の被災や道床流出などが発生しているという。JR九州は同区間について8月23日の運転再開を目指し、復旧工事を進めているとしている。
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