JR東日本は7月13日、東京オリンピック期間中の臨時列車の運転計画を改めて発表した。すでに発表されている首都圏深夜帯の臨時列車の運転中止に加え、競技会場の最寄り路線を走る臨時列車も縮小する。
在来線で臨時列車が運転される路線は、東海道本線・伊東線の小田原～伊東間（伊豆MTBコース向け）と、東北本線（利府線）・仙石線・仙山線（宮城スタジアム向け）。宮城スタジアム向けは昼間から深夜帯にかけて増発される。これ以外の臨時列車はすべて運転を取りやめる。
東北新幹線では宮城スタジアム向けの臨時列車として、通常は営業列車が走らない保守作業時間帯（0～6時）の臨時列車が設定され、仙台→東京間を深夜から早朝にかけて走る予定だった「夜行新幹線」の「やまびこ422号」も設定されていたが、すべて運転を取りやめる。一方、無観客開催が決まった福島あずま球場向けの臨時列車（東京発6～9時台）は、通常の臨時列車として運転される。
JR東日本は6月30日、東京オリンピックにあわせて運行する臨時列車の計画を発表。首都圏21線区では終電以降の深夜1～2時台に臨時列車を運行し、競技会場の最寄り路線などでも臨時列車を運行するとしていた。
しかし、首都圏1都3県で行われる競技を無観客で実施することが決まったため、同社は7月9日、首都圏21線区の深夜臨時列車の運行中止を発表。それ以外の臨時列車についても「東京オリンピック・パラリンピック競技大会組織委員会と調整のうえ、決まり次第お知らせいたします」としていた。
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