JR各社は3月24日、新型コロナウイルス感染症による利用者減少などに伴う列車の運休について、4月以降の運転計画を発表した。ゴールデンウィークに運転される予定だった列車も一部運休する。
東海道新幹線は「のぞみ」臨時列車を中心に運休。「ひかり」「こだま」は運休しない。山陽新幹線と九州新幹線は「のぞみ」「ひかり」「さくら」の臨時列車が運休するが、4月1～30日の「のぞみ」臨時列車はすべて運転するという。
在来線特急も臨時列車を中心に運休するが、JR九州では定期列車も一部運休。「ハウステンボス」は定期・臨時ともに全面運休になる。
●東海道新幹線（4月3・10・17・24日）
のぞみ（臨時列車）：42本
●東海道新幹線（5月1～6日）
のぞみ（臨時列車）：106本
●山陽新幹線（4月1日～5月6日）
さくら（臨時列車）：50本
ひかり（臨時列車）：77本
●山陽新幹線（5月1～6日）
のぞみ（臨時列車）：49本
●九州新幹線（4月6日～5月6日）
さくら（臨時列車）：93本
●在来線特急（夜行、始発駅4月30日～5月6日）
サンライズ出雲（臨時列車）：4本
●在来線特急（JR東海、4月25日～5月5日）
しなの（臨時列車）：6本
南紀（臨時列車）：6本
ふじかわ（臨時列車）：4本
●在来線特急（JR西日本、4月21日～5月6日）
サンダーバード（臨時列車）：43本
くろしお（臨時列車）：11本
はしだて（臨時列車）：10本
きのさき（臨時列車）：10本
はまかぜ（臨時列車）：3本
南紀（臨時列車）：6本
●在来線特急（JR九州、4月6～23日）
かもめ（臨時列車）：16本
ハウステンボス（定期列車）：144本
ハウステンボス（臨時列車）：60本
ソニック（定期列車）；144本
にちりん（定期列車）：90本
きらめき（定期列車）：28本
きりしま（定期列車）：36本
ひゅうが（定期列車）：72本
ゆふいんの森3・4号（臨時列車）：36本 ※一部「ゆふ」車両による臨時列車含む
かわせみ やませみ1・2号（臨時列車）：18本
A列車で行こう3・4号（臨時列車）：10本
きらめき（臨時列車）：4本 ※一部区間の運休
にちりん（定期列車）：54本 ※一部区間の運休
●在来線特急（JR九州、4月3～6・10～13日）
JRKYUSHU SWEET TRAIN 或る列車（臨時列車）：16本