国土交通省や鉄道各社局によると、1月1日16時10分ごろに発生した能登半島地震の影響で運休中の線区は次の通り（1月2日5時30分時点まとめ）。これ以外にも列車の遅れや一部列車の運休が発生している場合がある。
上越新幹線と北陸新幹線の全線再開は早くとも1月2日の午後以降の見込み。在来線は1月2日の午後から夕方にかけて順次再開の見込みだが、信越本線・直江津～長岡や氷見線など海岸沿いに線路がある線区を中心に1月2日も終日運転を見合わせる線区もある。
《続報記事》
・能登半島地震の鉄道運休区間、2線区の再開めど立たず（2024年1月4日6時50分）
新幹線
上越新幹線：越後湯沢～新潟 ※1月2日は午前中の運行を取りやめ ※点検結果によっては午後の運行も取りやめの可能性
北陸新幹線：長野～上越妙高～金沢 ※1月2日は午前中の運行を取りやめ ※点検結果によっては午後の運行も取りやめの可能性
JR東日本
男鹿線：追分～男鹿 ※1月2日昼ごろまでは再開できない見込み
羽越本線：新津～酒田 ※1月2日夕方ごろまで運転見合わせ
羽越本線：酒田～羽後本荘 ※1月2日昼ごろまでは再開できない見込み
白新線：新潟～新発田 ※1月2日夕方ごろまで運転見合わせ
信越本線：直江津～長岡 ※1月2日は終日運転見合わせ
信越本線：長岡～新潟 ※1月2日夕方ごろまで運転見合わせ
磐越西線：喜多方～新津 ※1月2日夕方ごろまで運転見合わせ
上越線：水上～宮内 ※1月2日夕方ごろまで運転見合わせ
只見線：只見～小出 ※1月2日夕方ごろまで運転見合わせ
飯山線：十日町～越後川口 ※1月2日夕方ごろまで運転見合わせ
越後線：柏崎～内野 ※1月2日は終日運転見合わせ
越後線：内野～新潟 ※1月2日夕方ごろまで運転見合わせ
弥彦線：東三条～弥彦 ※1月2日は終日運転見合わせ
JR西日本
北陸本線：福井～金沢 ※1月2日午後以降の再開目指す
七尾線：津幡～和倉温泉 ※再開めど立たず
高山本線：猪谷～富山 ※1月2日午後からの再開目指す
城端線：高岡～城端 ※1月2日午後からの再開目指す
氷見線：高岡～氷見 ※1月2日は終日運転見合わせの見込み
大糸線：南小谷～糸魚川 ※1月2日は終日運転見合わせの見込み
北越急行
ほくほく線：くびき～犀潟
しなの鉄道
北しなの線：黒姫～妙高高原 ※1月2日16時ごろまで運休
えちごトキめき鉄道
妙高はねうまライン：妙高高原～直江津 ※1月2日は午前中運休、状況により午後も運休
日本海ひすいライン：直江津～市振 ※1月2日は午前中運休、状況により午後も運休
あいの風とやま鉄道
あいの風とやま鉄道線：市振～倶利伽羅 ※1月2日は点検作業が昼ごろまでかかる見込み、点検結果により再開可否を判断
富山地鉄
鉄道：全線 ※1月2日は施設点検の結果により再開可否を判断
市内電車：全線 ※1月2日は施設点検の結果により再開可否を判断
万葉線
万葉線：高岡駅～越ノ潟 ※1月2日は施設点検の結果により再開可否を判断
IRいしかわ鉄道
IRいしかわ鉄道線：倶利伽羅～金沢 ※1月2日は再開見込み立たず
のと鉄道
七尾線：七尾～穴水 ※施設の被害が発生しているとの情報あり
北陸鉄道
石川線：野町～鶴来 ※1月2日は終日運休
浅野川線：北鉄金沢～内灘 ※1月2日は終日運休
えちぜん鉄道
三国芦原線：あわら湯のまち～三国港