大雨の影響により秋田県を中心としたJR線で施設の被害が発生している。秋田新幹線は7月20日の始発から運転を再開。東北新幹線からの直通も含め通常ダイヤで運行する。
秋田新幹線と奥羽本線は大曲～秋田で単線の線路が並行して隣接しているが、施設に大きな被害が発生しているのは奥羽本線の線路。このため奥羽本線を走る普通列車は大曲～和田で運休し、和田～秋田は減便ダイヤで折り返し運転を行う。
北陸エリアでは越美北線で施設の被害が発生したが、7月29日に全線再開の予定。中国エリアの山陽本線も7月21日の始発から運転を再開できる見込みになった。JR九州は7月20日から久大本線の運転を全線で再開する。
6月29日からの大雨の影響で運休しているおもな線区は次の通り（7月20日4時時点まとめ）。これ以外の線区でも一部列車の運休や遅れが発生している場合がある。
JR東日本
奥羽本線：大曲～和田
・羽後境～大張野で盛土流出や架線柱傾斜
・再開まで時間がかかる見通し
・7月20日から大曲～秋田で代行バス運行
五能線：能代～深浦
・鳥形～沢目や岩館～大間越で盛土流出
・再開までに時間がかかる見通し
山田線：上米内～川内
・7月20日は11時ごろまで運休
JR西日本
JR西日本
越美北線：美山～九頭竜湖
・複数の場所で路盤流出など
・美山～越前大野で代行バス運行中
・7月29日に全線再開予定
山陽本線：小野田～厚狭
・線路下の盛土に一部亀裂が発生
・代行バス運行中（7月20日限りで終了）
・7月21日の始発から運転再開見込み
美祢線：厚狭～長門市
・四郎ケ原～南大嶺の橋脚流出や信号設備の被害など
・復旧の見通し立っておらず
・代行バス運行中
山陰本線：長門市～小串
・長門粟野～阿川の橋脚傾斜など
・復旧の見通し立っておらず
・代行バス運行中
JR九州
日田彦山線（代行バス）：彦山～宝珠山庁舎前
・7月10日の大雨の影響で国道通行止め
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