6月29日以降の大雨による東北・北陸・中国・九州の運休線区は次の通り(7月19日8時20分時点まとめ)。これ以外にも一部列車の運休や遅れが発生している線区がある。
JR東日本
秋田新幹線:盛岡~秋田
・7月19日は終日運休
・7月20日は再開の見通し立たず
奥羽本線:大曲~秋田
・7月19日は終日運休
・7月20日は再開の見通し立たず
五能線:能代~深浦
・複数の場所で盛土流出など
・再開まで時間がかかる見通し

JR西日本
越美北線:福井~九頭竜湖
・複数の場所で路盤流出など
・福井~越前大野で代行バス運行中
・福井~美山は7月20日に再開(減便ダイヤ)
・7月20日から代行バスの運行区間を美山~越前大野に変更
山陽本線:小野田~厚狭
・線路下の盛土に一部亀裂が発生
・代行バス運行中
・7月25日ごろに再開か
美祢線:厚狭~長門市
・四郎ケ原~南大嶺の橋脚流出や信号設備の被害など
・復旧の見通し立っておらず
・代行バス運行中
山陰本線:長門市~小串
・長門粟野~阿川の橋脚傾斜など
・復旧の見通し立っておらず
・代行バス運行中
JR九州
久大本線:善導寺~日田
・7月20日に再開予定
久大本線:豊後森~由布院
・代行バス運行中
・7月20日に再開予定
秋田新幹線は7月19日の終日運休が決定。7月20日も再開の見通しは立っておらず、運休が長期化する可能性が高まっている。JR東日本によると、一部の区間で避難指示が発令されているほか、土砂災害のリスクが高い状況が続いており、設備被害の状況確認ができていないという。
五能線は盛土流出など線路施設に大きな被害が確認されている。越美北線は7月20日に一部区間が再開予定。代行バスの運行区間も変更される。
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