6月29日以降の大雨による東北・北陸・中国・九州の運休線区は次の通り（7月19日8時20分時点まとめ）。これ以外にも一部列車の運休や遅れが発生している線区がある。
JR東日本
秋田新幹線：盛岡～秋田
・7月19日は終日運休
・7月20日は再開の見通し立たず
奥羽本線：大曲～秋田
・7月19日は終日運休
・7月20日は再開の見通し立たず
五能線：能代～深浦
・複数の場所で盛土流出など
・再開まで時間がかかる見通し
JR西日本
越美北線：福井～九頭竜湖
・複数の場所で路盤流出など
・福井～越前大野で代行バス運行中
・福井～美山は7月20日に再開（減便ダイヤ）
・7月20日から代行バスの運行区間を美山～越前大野に変更
山陽本線：小野田～厚狭
・線路下の盛土に一部亀裂が発生
・代行バス運行中
・7月25日ごろに再開か
美祢線：厚狭～長門市
・四郎ケ原～南大嶺の橋脚流出や信号設備の被害など
・復旧の見通し立っておらず
・代行バス運行中
山陰本線：長門市～小串
・長門粟野～阿川の橋脚傾斜など
・復旧の見通し立っておらず
・代行バス運行中
JR九州
久大本線：善導寺～日田
・7月20日に再開予定
久大本線：豊後森～由布院
・代行バス運行中
・7月20日に再開予定
秋田新幹線は7月19日の終日運休が決定。7月20日も再開の見通しは立っておらず、運休が長期化する可能性が高まっている。JR東日本によると、一部の区間で避難指示が発令されているほか、土砂災害のリスクが高い状況が続いており、設備被害の状況確認ができていないという。
五能線は盛土流出など線路施設に大きな被害が確認されている。越美北線は7月20日に一部区間が再開予定。代行バスの運行区間も変更される。
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