6月29日以降の大雨による東北・北陸・中国・九州の運休線区は次の通り（7月18日11時20分時点まとめ）。
JR東日本
秋田新幹線：盛岡～秋田
・7月18日は終日運休
・7月18日の普通列車（田沢湖線）は運転
・7月19日は再開の見通し立たず
奥羽本線：大曲～秋田
・7月18日は終日運休
・7月19日は再開の見通し立たず
奥羽本線：八郎潟～東能代
・7月18日は終日運休
・7月19日は再開の見通し立たず
五能線：東能代～深浦
・複数の場所で路盤流出、詳細調査中（国土交通省）
・7月18日は終日運休
・7月19日は再開の見通し立たず
男鹿線：追分～男鹿
・7月18日は終日運休
・7月18日の秋田～追分（奥羽本線の乗り入れ区間）は終日折り返し運転
・7月19日は再開の見通し立たず
JR西日本
越美北線：福井～九頭竜湖
・複数の場所で路盤流出など
・7月18日から福井～越前大野で代行バス運行
・福井～美山は7月20日に再開予定（減便ダイヤ）
山陽本線：小野田～厚狭
・線路下の盛土に一部亀裂が発生
・代行バス運行中
・7月25日ごろに再開か
美祢線：厚狭～長門市
・四郎ケ原～南大嶺の橋脚流出や信号設備の被害など
・復旧の見通し立っておらず
・代行バス運行中
山陰本線：長門市～小串
・長門粟野～阿川の橋脚傾斜など
・復旧の見通し立っておらず
・代行バス運行中
JR九州
久大本線：善導寺～日田
・7月20日に再開予定
久大本線：豊後森～由布院
・代行バス運行中
・7月20日に運転再開予定
秋田県を中心とした地域の各線は再開の見通しが立っておらず、施設被害も発生している。7月20日に久大本線が全線再開するほか、越美北線も一部区間が再開予定。
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