大雨の影響による鉄道各線のおもな運休区間は7月12日2時20分時点で次の通り。北陸地方でも運休区間が生じている。山陽本線では線路施設に被害が発生し、再開まで時間がかかる見込みだ。
JR西日本
城端線：高岡～城端
※7月12日の5時27分に再開予定
大糸線：南小谷～平岩
※7月12日の6時54分に再開予定
（参考）越美北線：福井～九頭竜湖
※7月13日の始発から終日運休の可能性あり
山陽本線：新山口～小野田
※7月13日の始発から再開予定
山陽本線：小野田～厚狭
※盛土の一部に亀裂が発生
※7月11日からおおむね2週間程度運休の見込み
※7月13日から代行バス運転予定
宇部線：新山口～宇部
※7月12日の始発から再開予定
小野田線：宇部新川～小野田・雀田～長門本山
※7月12日の始発から再開予定
美祢線：厚狭～長門市
※6月30日～7月1日の大雨の影響で橋梁の倒壊や土砂流入など
※復旧の見通し立っておらず
※代行バス運行中
山陰本線：益田～長門市・長門市～仙崎・小串～幡生
※7月12日の始発から再開予定
山陰本線：長門市～小串
※6月30日～7月1日の大雨の影響で橋梁の傾斜や土砂流入など
※復旧の見通し立っておらず
※代行バス運行中
JR九州
久大本線：久留米～日田
7月12日は始発から運休
（参考）久大本線：日田～豊後森
※7月12日は始発から本数を減らして運転
久大本線：豊後森～由布院
※7月3日の大雨で運休中
※道床流出や切取崩壊など20件の被害
※7月下旬に再開見込み
※代行バス運行中
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