文部科学省は2月28日、全国の教育委員会などに対し、小中学校や高校、特別支援学校を 3月2日から臨時休業するよう要請する通知を発出した。これに伴い、一部の鉄道各社局も通学定期券の払い戻しについて特例を定め、自社局のウェブサイトなどで案内している。特例の内容は各社局によって一部異なる。
JR東日本は、2月28日以降の最終登校日を最終使用日とみなして払戻額を算出。所定の手数料を差し引いて払い戻す。払い戻しの期間は購入日から1年以内としている。
JR東海は、休校を理由に通学定期券を払い戻す場合、「後日お申し出いただいた場合でも、最後に通学した日にお申し出いただいたものとみなしてお取扱いいたします」とし、窓口が混雑している場合は後日手続きするよう検討してほしいと呼びかけている。
西武鉄道も、通学定期券の払い戻しは特例として「弊社窓口でのお申し出日にかかわらず、お客さまの通学先の学校の『最終登校日』にお申し出いただいたものとしてお取り扱いをさせていただきます」としている。ただし、大学生相当（大学・短大・専門学校など）の通学定期券や、通学先の学校の最終登校日以降に定期券を使用した場合は特例の対象外。最終登校日から有効期間終了日までの日数が1カ月以上残っている必要がある。
JR北海道は、道内の学校の休校が一部ですでに始まっていることから、窓口への申出日にかかわらず、2月26日に申し出があったとみなして払い戻しに対応する。