JR九州は5月1日、新型コロナウイルスの感染拡大に伴う運転計画（ゴールデンウィーク後の5月11～31日、豊肥本線の熊本～肥後大津間はゴールデンウィーク期間の5月2～6日）を発表した。
在来線の特急列車は5月11～31日の期間、既に運休が発表されているものに加え、定期列車の特急「かもめ」「みどり」「ソニック」「きらめき」「かいおう」の合計384本が運休する。
在来線の快速・普通列車は5月10日まで福岡・北九州地区と宮崎地区で休日の快速・普通列車が一部運休するが、5月11～31日も対象線区を拡大して運休することになった。
鹿児島本線の門司港～荒木間、福北ゆたか線の黒崎～博多間、筑肥線の筑前前原～西唐津間、長崎本線と大村線の竹松～長崎間、鹿児島本線の伊集院～鹿児島中央間、指宿枕崎線の鹿児島中央～喜入間、宮崎空港線の宮崎～宮崎空港間で、合計1158本の快速・普通列車が運休する。また、5月2～6日は豊肥本線の熊本～肥後大津間で一部の普通列車が運休する。
同社はこれまで、九州新幹線の臨時列車は6月末まで全便運休し、九州新幹線の定期列車と在来線の特急列車は5月末まで一部列車を運休することを発表していた。
同社は緊急事態宣言が全国に拡大して以降、さらに利用者が減少しており、ゴールデンウィーク期間以降も回復が見込めないとして、5月31日までの在来線の特急列車と快速・普通列車について、追加の減便を実施することにした。
今回の運休列車の追加により、運休を開始した3月20日から6月28日までの期間の運休本数は、新幹線581本と在来線特急6425本の合計7006本に。総運転本数の21％にあたる列車が運休することになる。
JR九州によると、4月1～20日の鉄道の取扱収入（速報値）は40億円で、対前年25.7％、116億円の減少。緊急事態宣言が全国に拡大された4月17日から20日までに限ると、鉄道の取扱収入は対前年13.9％と大幅に減少している。
利用状況も大幅に悪化しており、4月17～19日の博多～熊本間の利用状況は対前年11.5％で約9割の減少。在来線特急の日豊本線・小倉～行橋間と長崎本線・鳥栖～肥前山口間も、緊急事態宣言が全国に拡大されてからは前年比で約9割の減少となっている。
