8月6日からの大雨の影響を受け、北陸・九州の一部の鉄道路線で運転の見合わせが続いている。国土交通省が8月13日7時時点の情報としてまとめたところによると、在来線は6事業者8路線が運転を見合わせている。新幹線の運転見合わせはない。
鉄道各社によると、運転を見合わせている線区は次の通り（2025年8月13日21時時点）。一部の線区は運休が長期化する可能性がある。
のと鉄道
七尾線：能登中島～穴水
・穴水～能登鹿島で法面崩壊
・バスによる代行輸送を実施
・運転再開時期は未定
JR九州
鹿児島本線：荒尾～玉名
・大野下～玉名で道床流出
・運転再開時期は未定
肥薩線：吉松～隼人
※2020年の水害不通区間を除く
・表木山～日当山で路盤流出
・JR九州は8月9日時点で復旧に1週間以上かかる見込みとしている
日豊本線：西都城～鹿児島
・霧島神宮～国分で路盤流出
・重富～竜ケ水で土砂流入
・JR九州は8月9日時点で復旧に1週間以上かかる見込みとしている
島原鉄道
島原鉄道線：諫早～島原港
・松尾～三会で法面崩壊
・8月14日始発から運転再開予定
肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線：八代～肥後田浦
・八代～日奈久温泉で土砂流入など多数
・復旧まで1カ月かかる見込み
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