気象庁は8月8日、「南海トラフ地震臨時情報（巨大地震注意）」を発表した。南海トラフ地震の想定震源域の鉄道を中心に、徐行運転による遅延や一部列車の運休などが生じている。
8月9日のおもな路線・列車の運行計画は次の通り（8月9日6時15分時点まとめ）。
新幹線
●東海道新幹線
・三島～三河安城で始発から減速運転
・少なくとも10分以上の遅れ見込み
在来線特急
●寝台特急「サンライズ瀬戸・出雲」
・東京～高松・出雲市で運休
●特急「ふじかわ」
・静岡～甲府で運休
●特急「伊那路」
・豊橋～飯田で運休
●特急「南紀」
・名古屋～新宮・紀伊勝浦で運休
●特急「くろしお」
・和歌山～海南・紀伊田辺・白浜・新宮で運休
JR東日本
●東海道線
・大磯～熱海で減速運転
●伊東線
・熱海～伊東で減速運転
●中央本線
・大月～茅野で減速運転
JR西日本
●きのくに線
・新宮～御坊で徐行運転
・新宮～紀伊勝浦で一部列車運休
・周参見～紀伊田辺で一部列車運休
JR四国
●牟岐線
・由岐～阿波海南で徐行運転
●土讃線
・吾桑～土佐久礼で徐行運転
・高知～窪川で運休が発生する可能性
土佐くろしお鉄道
●ごめん・なはり線
・安芸～奈半利は運休
・安芸～奈半利以外の区間は徐行運転
JR九州
●鹿児島本線
・鹿児島中央～鹿児島で遅延
●日豊本線
・佐伯～鹿児島で遅延
・宮崎～鹿児島中央は減便
・特急「きりしま1・2号」は全区間運休
●日南線
・南宮崎～志布志で遅延
・始発から減便
・特急「海幸山幸」は全区間運休
●吉都線
・都城～吉松で遅延
・始発から減便