8月6日16時43分、日向灘を震源とする最大震度6弱の地震が発生した。この影響で四国・九州の鉄道の一部線区で運休が発生している。
JR西日本の山陽新幹線とJR九州の九州新幹線・西九州新幹線は全線で運転再開済み。JR四国は南海トラフ地震臨時情報の発令を受け土讃線と牟岐線の運転を見合わせていたが徐行運転で再開した。
国土交通省と鉄道各社によると、運休中の路線は次の通り（8月8日22時45分時点まとめ）。これ以外にも列車の遅れや一部列車の運休が発生している場合がある。
JR九州
●鹿児島本線：鹿児島中央～鹿児島
※8月8日は終日運転見合わせ。
●日豊本線：延岡～鹿児島
※8月8日は終日運転見合わせ。
※8月9日は佐伯～延岡～鹿児島で始発から運転見合わせ。
●日南線：南宮崎～志布志
※8月8日は終日運転見合わせ
※8月9日は始発から運転見合わせ。
●宮崎空港線：田吉～宮崎空港
※8月8日は終日運転見合わせ
※8月9日は始発から運転見合わせ。
●吉都線：都城～吉松
※8月8日は終日運転見合わせ
※8月9日は始発から運転見合わせ。
●肥薩線：吉松～隼人
※8月8日は終日運転見合わせ
※8月9日は始発から運転見合わせ。
土佐くろしお鉄道
●ごめん・なはり線：全線
※南海トラフ地震臨時情報の発令に伴うもの