鉄道各社と国土交通省などによると、大雨の影響による鉄道各線の運休区間と施設の被害状況は次の通り（8月17日18時～18時55分時点）。
■JR東日本
中央本線：岡谷～辰野～塩尻 ※土砂流入
■JR東海
飯田線：伊那松島～辰野 ※宮木～辰野間で橋りょう傾斜
中央本線：南木曽～塩尻 ※上松～倉本間と贄川～木曽平沢間で土砂流入
太多線：全線 ※8月17日18時50分頃に運転再開の見込み
■JR西日本
和歌山線：粉河～和歌山
紀勢本線（きのくに線）：御坊～和歌山
山陽本線：三原～岩国～徳山
山陽本線：厚東～厚狭 ※小野田～厚狭間で道床流出
芸備線：備後落合～広島
呉線：全線
可部線：全線
岩徳線：全線
宇部線：全線 ※山陽本線のケーブル断線で保安装置が使えない状態
小野田線：全線 ※山陽本線のケーブル断線で保安装置が使えない状態
※福塩線の府中～塩町間が8月17日19時頃から終日運休予定
■JR四国
土讃線：大歩危～土佐山田
牟岐線：阿南～阿波海南
■JR九州
九州新幹線：熊本～鹿児島中央
鹿児島本線：川内～鹿児島中央
佐世保線：肥前山口～早岐 ※北方～高橋間で線路が冠水
久大本線：日田～由布院 ※杉河内～北山田間の第10玖珠川橋りょうが損傷した可能性
日豊本線：西都城～国府～鹿児島中央
肥薩線：吉松～隼人
吉都線：全線
唐津線：全線
筑肥線（筑肥西線）：山本～伊万里
指宿枕崎線：全線
■明知鉄道
明知線：恵那～明智 ※阿木～飯羽間間でバラスト流出
■アルピコ交通
上高地線：松本～新村 ※橋りょうが傾斜
■養老鉄道
養老線：駒野～養老
■南海電鉄
南海本線：尾崎～和歌山市 ※みさき公園～孝子間でバラスト流出
多奈川線：全線
■和歌山電鉄
貴志川線：全線
■錦川鉄道
錦川清流線：全線
■南阿蘇鉄道
高森線：中森～高森
■肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線：全線
運転している区間でも一部列車の運休や遅れが発生している場合がある。運休区間を経由する特急列車などは全区間で運休している場合がある。これまで在来線のみ運休していたが、九州新幹線の熊本～鹿児島中央間が運転を見合わせている。
施設の被害が発生した場所のうち、土砂が流入した中央本線の古虎渓駅付近は復旧。法面（のりめん）が崩壊した松浦鉄道西九州線の夫婦石～金武間も復旧している。