国土交通省がまとめた7月10日9時30分時点の情報によると、大雨の影響による鉄道路線の運休区間は次の通り。
●JR九州
九州新幹線：熊本～鹿児島中央
吉都線：吉松～都城
肥薩線：吉松～隼人
●JR西日本
山陰本線：倉吉～浦安
山陽本線：松永～三原
木次線：宍道～木次
呉線：三原～広
●小湊鉄道
小湊鉄道線：光風台～上総牛久・里見～上総中野
●肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線：八代～川内
運休区間のうち山陽本線の糸崎駅構内は線路冠水、山陰本線の倉吉～浦安間は切取崩壊、木次線の宍道～木次間は盛土崩壊・土砂流入の被害が発生している。小湊鉄道線は路盤流出した。一畑電車は7月10日始発までに全線の運転を再開した。
JR九州が7月10日20時39分に発表したところによると、九州新幹線は博多～熊本間で折り返し運転を実施。熊本～鹿児島中央間は定期列車を終日運休。19時以降に臨時列車を上下各2本運転する計画だったが19時03分より大雨の影響で臨時列車の運転を見合わせ。20時19分から運転を再開している。
JR貨物が7月10日12時時点の情報として発表したところによると、山陽本線の東福山～広島貨物ターミナル間で貨物列車を運休。7月12日以降に復旧の見込みとしている。
肥薩おれんじ鉄道線は7月10日18時48分までに全線の運転を再開した。