2020年7月豪雨の影響で一部区間の運転を見合わせている久大本線について、JR九州は7月29日、今後の運行スケジュールを発表した。7月31日から8月8日にかけて運休区間を縮小するとともに、運休中の全区間で代行輸送を確保する。
7月29日の時点で運休しているのは、大分県内の日田～天ケ瀬～豊後森～由布院～向之原間。このうち日田～天ケ瀬間と由布院～向之原間で代行バスが運転されている。このほか、向之原～大分間は車両運用の都合で通常より本数が減らされている。
7月31日からは、大きな被害が発生している豊後森～由布院間でも、代行バスの運転を開始。8月8日からは日田～天ケ瀬～豊後森間の運転を再開する予定だ。これにより8月8日以降の運休区間は豊後森～由布院間に縮小され、この区間の代行輸送も確保される。
また、現在は全列車が全区間で運休している久大本線の特急「ゆふいんの森1・5・2・6号」は、博多～豊後森間のみ8月8日から運転を再開。豊後森駅では豊後森～由布院間の代行バスに接続する。