鉄道プレスネット編集部が7月18日6時10分までにまとめた、7月豪雨によるおもな運休区間は次の通り。これ以外の線区でも列車の一部運休や遅れが発生している場合がある。
●大井川鉄道
大井川本線 金谷～新金谷 ※代行バスあり
●JR東海
飯田線 水窪～平岡 ※10月頃再開の見込み
高山本線 飛騨小坂～渚
●叡山電鉄
鞍馬線 市原～鞍馬 ※並行路線バスあり
●JR西日本
芸備線 下深川～三次 ※7月20日から代行バス運転
芸備線 三好～備後落合 ※7月20日から運転再開見込み
福塩線 府中～塩町 ※7月20日から代行バス運転
●JR四国
予讃線・内子線 内子～伊予大洲 ※7月20日再開見込み
●JR九州
鹿児島本線 長洲～植木
鹿児島本線 川内～隈之城 ※7月20日から再開見込み（肥薩おれんじ鉄道の車両を使用）
鹿児島本線 隈之城～鹿児島中央 ※8月上旬再開見込み
肥薩線 八代～吉松
久大本線 日田～由布院
久大本線 由布院～向之原 ※代行バスあり
●肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線 八代～水俣 ※7月20日から代行バス運転
●くま川鉄道
湯前線 人吉温泉～湯前 ※7月20日から代行バス運転
7月13日夜からの大雨で、中国地方でも大きな被害が発生した。広島県内では、JR西日本の芸備線と福塩線が一部運休。芸備線は上三田～中三田間で護岸崩壊、志和地～西三次間で路盤流出が発生。福塩線も吉舎～三良坂間で斜面が崩落した。
落石のため運休していた平成筑豊鉄道の田川線・犀川～油須原間（福岡県）は、7月18日の始発から運転を再開した。
JR東日本でも大雨による運休が発生しているが、施設への大きな被害はない模様で、一時的な運休にとどまっている。
このほか、JR貨物が鹿児島本線・肥薩おれんじ鉄道線の鳥栖貨物ターミナル～鹿児島貨物ターミナル間（福岡県・熊本県・鹿児島県）で貨物列車の運転を中止している。