梅雨前線に伴う九州の大雨が続いており、7月6日朝も南部の鹿児島などで大雨が降った。11時頃からは北部も大雨になっており、鉄道の運休区間が拡大している。
鉄道プレスネット編集部が13時20分までにまとめた運休区間は次の通り。
●JR九州
九州新幹線・熊本～鹿児島中央
鹿児島本線・川内～鹿児島
日豊本線・南宮崎～鹿児島
日南線・南宮崎～志布志
肥薩線・八代～吉松 ※橋りょう流出などの被害が発生
肥薩線・吉松～隼人
吉都線・吉松～都城
指宿枕崎線・鹿児島中央～枕崎
長崎本線・肥前浜～諫早
久大本線・久留米～日田
●肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線・八代～出水 ※線路冠水や道床流出などの被害が発生
肥薩おれんじ鉄道線・出水～川内
●くま川鉄道
湯前線・人吉温泉～湯前 ※橋りょう流出などの被害が発生
●甘木鉄道
甘木線・基山～甘木
●松浦鉄道
西九州線・佐々～佐世保
国土交通省によると、JR肥薩線では球磨川第一橋りょうのほか球磨川第二橋りょうの流出も確認された。複数の駅も線路が冠水している。くま川鉄道湯前線も那良口～渡間の球磨川第四橋りょうが流出。人吉温泉駅の線路冠水・土砂流入が確認されている。
肥薩おれんじ鉄道は、7月5日時点で判明した被害を公表。肥後高田～日奈久温泉間の土砂流入と道床（バラスト）流出、肥後二見～上田浦間の土砂流入5カ所、上田浦～たのうら御立岬公園間の土砂流入、たのうら御立岬公園～肥後田浦間の道床流出2カ所、海浦～佐敷間の大量土砂流入・道床流出、佐敷駅の浸水、佐敷～湯浦間の道床流出2箇所、湯浦～津奈木間の土砂流入・道床流出、津奈木～新水俣間の道床流出、袋～米ノ津間の陥没・道床流出を挙げている。
このうち海浦～佐敷間は特に被害が大きく、「大量の土砂や巨木が隣接の国道3号と線路を巻き込む形で250mほど崩れ、道床が流出するとともに線路上に4～5mほど堆積し、佐敷トンネルの出口が完全に埋まっている状況」（肥薩おれんじ鉄道）という。