JR九州は5月19日、新型コロナウイルスの感染拡大に伴う6月（6月1～30日）の在来線の運転計画を発表した。特急列車などが引き続き一部運休するが、快速・普通列車は所定のダイヤに戻る。
期間中に運休する列車は、特急列車が2386本。「ハウステンボス」「ゆふ」がすべて運休するほか、「かもめ」「みどり」「ソニック」「にちりん」「きりしま」「ひゅうが」「きらめき」「かいおう」も一部が運休する。
JR九州の観光列車「D＆S列車」は、「かわせみ やませみ」「いさぶろうしんぺい」「SL人吉」「A列車で行こう」「あそぼーい！」「指宿のたまて箱」「はやとの風」「海幸山幸」「JRKYUSHU SWEET TRAIN 或る列車」など計802本が全面的に運休する。
また、6月中の運休が決まった特急列車や「D＆S列車」の指定席については、7月以降の運転計画が確定するまでのあいだ、7月出発分の指定席発売を見合わせる。
一方、在来線の快速・普通列車は6月1日から通常通り運行される。JR九州は緊急事態宣言の解除で学校などが再開し、一定の利用の回復が見込まれるためとしている。
この計画が予定通り実施された場合、3月20日～6月30日の期間で総運転本数の約32％にあたる1万2516本が運休することになる。