JR九州は5月7日、九州新幹線の5月11日以降のダイヤを全体的に見直すと発表した。全体的に列車の運転間隔を見直し、当初は運休する計画だった定期列車の運転を再開したり、運休する列車の時刻や停車駅を一部変更した臨時列車を設定したりしている。
JR九州の発表によると、山陽新幹線と直通する「みずほ」「さくら」は1時間あたり1本程度の運転に。時間帯や駅によっては、運転間隔が2時間程度になる場合もある。また、運転間隔や停車駅を調整するため定期列車を運休し、新大阪～鹿児島中央間で新たに臨時列車の「さくら」を1日あたり14本、毎日運転する。
休日のみ運休すると発表されていた「つばめ311・333・337・302・332号・336号」の6本は運転。一方で運転区間を短縮するとしていた「みずほ612号」と「さくら545・555・554・562・568号」の6本は全区間運休に変わる。逆に一部区間のみ運休する計画だった「さくら409号」は全区間で運転される。
九州新幹線の1日の運転本数は、全体では所定より38本少ない83本に。列車ごとの本数は「みずほ」（所定の本数は16本）が4本。「さくら」（同50本）が34本、「つばめ」（同55本）が45本になる。山陽新幹線に直通する列車は所定より24本少ない29本。
JR九州は新型コロナウイルス緊急事態宣言の期間が延長されたことや、九州新幹線の利用状況を踏まえて同線のダイヤを見直すことにしたとしている。今回発表された運転計画の実施期間は「5月11日～当面の間」としており、所定ダイヤへの復帰のめどは立っていない。