熊本県と木村敬知事とJR九州の古宮洋二社長は10月31日に共同記者会見を開き、熊本空港アクセス鉄道(仮称)の整備や豊肥本線の輸送力強化について、上下分離方式の導入や快速列車の運行などで合意したことを明らかにした。豊肥本線は空港アクセス鉄道開業時に加え、将来の抜本的な輸送力強化も盛り込んだ。

熊本県とJR九州の2者によると、「上下分離方式の採用」「JR豊肥本線の輸送力強化」「沿線活性化等に向けた取組み」「将来の抜本的輸送力強化」の4点を2者の共同目標とし、早期実現に向けて協力、連携して取り組む。費用負担の割合については合意済みという。
熊本空港アクセス鉄道は、熊本県が主体となり設立する予定の第三セクターが第三種鉄道事業者として整備。JR九州が第2種鉄道事業者として列車を運行する上下分離方式を導入する。列車はJR九州が豊肥本線と一体的に運行する。
豊肥本線については快速列車の導入などの輸送力強化に取り組むとした。具体的には、東海学園前・武蔵塚・原水の3駅を改良。単式ホーム1面1線の東海学園前駅は線路を増設して上下列車を行き違いできるようにする。武蔵塚駅と原水駅はすでに行き違いが可能な構造だが、駅構内に上下列車が同時進入できるよう改良する。また、これらの鉄道の整備効果をさらなる利用者増や沿線活性化などに役立てるよう、2者が連携して取り組む。
このほか、合意では「開業前までに空港アクセス鉄道とJR豊肥本線の利便性が更に向上できるJR豊肥本線輸送力強化の検討を進めるとともに、沿線地域の都市戦略を見据えたJR豊肥本線の抜本的輸送力強化についても、県とJR九州が協力してその実現を目指すものとする」との文言も盛り込んだ。

熊本空港アクセス鉄道は、豊肥本線の肥後大津駅から熊本空港に乗り入れる約6.8kmの新線構想。豊肥本線に乗り入れて熊本~熊本空港を直通する列車の運行が考えられている。豊肥本線は全線が単線。複線の鉄道に比べ運行できる本数が少なく、駅での上下列車の待ち合わせで時間もかかる。熊本~肥後大津の場合、現在の運行本数は最大で1時間あたり6本に限られる。
JR九州の古宮社長は記者会見で「(豊肥本線で)快速運行すると、いまの設備では途中の待ち合わせなどで時間短縮効果が出ない。途中駅の行き違い化や同時進入化で数分の短縮を図れる。(輸送力強化は)これを主体的に考えていきたい」と話した。一方で複線化については「費用面を考えるとなかなか難しいと思っているのが現状」として消極的な姿勢を示した。
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