台風2号とそれに伴う前線の活発化による大雨の影響を受け、西日本の鉄道各線を中心に大きな被害が発生した。国土交通省や鉄道各社によると、運休区間の被害状況や再開時期のめど、代行輸送の計画は次の通り（6月4日13時30分時点）。
JR東海
飯田線：新城～天竜峡
・三河東郷駅と枚岡駅、金野～千代で土砂流入。本長篠駅で線路設備の一部変状。
・6月5・6日は運休区間を新城～平岡に短縮予定。
・6月7日以降の運行計画は未発表。
・代行バスの計画なし。
JR西日本
和歌山線：橋本～粉河
・高野口駅付近で盛土が崩壊。
・1週間程度、運転を見合わせ。
・6月5日から代行バス運行。
南海電鉄
高野線：（橋本～）高野下～極楽橋（～高野山）
・数カ所で倒木や法面の土砂が流出。
・復旧作業の関係で橋本～高野下も6月4日10～17時は運転を見合わせ。
・橋本～高野山で代行バス運行。橋本駅と高野山駅以外の途中駅には道路状況により代行輸送できない場合がある。
和歌山電鉄
貴志川線：全線
・停電や床上浸水が発生。
・6月4日は終日運休。6月5日も運休の見通し。
・6月6日以降の再開のめどは立っていない。
・代行バスの計画は未発表。
土佐くろしお鉄道
中村線：窪川～中村
・土佐白浜～有井川で土砂流入。列車が土砂に乗り上げて脱線。
・6月7日まで運休予定。
・運転再開日時は6月6日の現場確認などを踏まえ協議する予定。
・6月5日から代行バス運行。
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