西日本を中心とした大雨の影響を受け、各地の鉄道路線で運転の見合わせが発生している。各社局が公表している運行情報などによると、運休線区は次の通り（8月13日18時～18時30分時点、過去の災害による長期運休区間は除く）。
●JR東日本
飯山線：長野～森宮野原
大糸線：信濃大町～南小谷
●JR東海
飯田線：中部天竜～平岡
高山本線：美濃太田～猪谷
●JR西日本
北陸本線：米原～近江塩津
北陸本線：敦賀～金沢
越美北線（九頭竜線）：全線
七尾線：全線
城端線：全線
氷見線：全線
高山本線：猪谷～富山
大糸線：南小谷～糸魚川
奈良線：全線
加古川線：加古川～西脇市
播但線：全線
舞鶴線：全線
小浜線：全線
山陰本線：園部～鳥取～益田～下関
山陽本線：広島～岩国
姫新線：播磨新宮～新見
因美線：鳥取～智頭
伯備線：備中高梁～米子
芸備線：備後落合～広島
福塩線：府中～三次
木次線：全線
呉線：三原～広
岩徳線：全線
宇部線：全線
小野田線：全線
山口線：宮野～益田
美祢線：全線
●JR四国
予讃線：向井原～伊予長浜～伊予大洲
土讃線：大歩危～土佐山田
●JR九州
鹿児島本線：羽犬塚～大牟田～八代
筑豊本線（原田線）：全区間
日田彦山線：小倉～添田
後藤寺線：全線
筑肥線：全線
唐津線：全線
長崎本線：全線
佐世保線：全線
大村線：全線
久大本線：久留米～由布院
豊肥本線：熊本～宮地
三角線：全線
肥薩線：吉松～隼人
●長良川鉄道
越美南線：深戸～郡上大和
●樽見鉄道
樽見線：大垣～神海
●井原鉄道
井原線：早雲の里荏原～神辺
●錦川鉄道
錦川清流線：全線
●西鉄
甘木線：甘木～学校前
●平成筑豊鉄道
田川線：行橋～油須原
●肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線：全線
●松浦鉄道
西九州線：全線
運休していない線区でも一部列車の運休や遅れが発生しているケースがある。また運休区間は気象状況の変化にあわせて随時変わっており、今後の情報に注意が必要だ。