国土交通省が7月11日10時時点の情報としてまとめたところによると、大雨による運休区間は次の通り。
●JR西日本
山陰本線 倉吉～浦安
山陽本線 松永～三原
木次線 宍道～木次
呉線 三原～竹原
●JR東日本
陸羽東線 鳴子温泉～新庄
陸羽西線 新庄～余目
●JR九州
吉都線 吉松～都城
肥薩線 吉松～隼人
●小湊鉄道
小湊鉄道線 光風台～上総牛久
小湊鉄道線 里見～上総中野
JR西日本の運行情報（22時32分時点）によると、山陽本線の松永～三原間は代行バスが運行されている。呉線の三原～竹原間も7月12日から代行バスが運行される予定。山陰本線の倉吉～浦安間と木次線の宍道～木次間は復旧作業が完了し、7月12日の始発から通常通り運転を再開する予定だ。
JR東日本の運行情報（22時31分時点）によると、陸羽東線は運転を再開した。陸羽西線は運転見合わせが続いている。JR九州の運行情報（22時34分時点）などによると、肥薩線の吉松～隼人間は7月12日の始発から運転を再開する予定。吉都線の吉松～都城間は7月11日夕方に再開した。