2020年7月豪雨の影響で大きな被害を受け運休中の区間は次の通り（7月24日9時時点での国土交通省や各社発表のまとめ）。本州内はJR西日本の芸備線と福塩線が8月中に再開のめどが立った。
●JR東海
飯田線 水窪～大嵐 ※7月27日再開予定（再開時は平日のみ1日2往復の運転）
飯田線 大嵐～平岡 ※再開時期未定
●叡山電鉄
鞍馬線 市原～鞍馬 ※並行路線バスの利用を案内 ※再開時期未定
●JR西日本
芸備線 下深川～三次 ※代行バス運転中 ※8月下旬再開見込み
福塩線 府中～塩町 ※代行バス運転中 ※8月中旬再開見込み
●JR九州
鹿児島本線 長洲～植木 ※8月3日再開予定
鹿児島本線 （川内～）隈之城～串木野 ※川内～隈之城間は肥薩おれんじ鉄道からの乗り入れ列車のみ運転中 ※7月27日から川内～串木野間で代行バス運転予定 ※8月1日再開予定
鹿児島本線 串木野～鹿児島中央 ※7月27日再開予定
久大本線 日田～豊後森 ※8月8日再開予定
久大本線 豊後森～由布院 ※再開時期未定
久大本線 由布院～庄内 ※代行バス運転中 ※再開時期未定
久大本線 庄内～向之原 ※代行バス運転中 ※8月末再開予定
肥薩線 八代～吉松 ※再開時期未定
●肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線 八代～水俣 ※代行バス運転中（学生の利用を優先） ※再開時期未定
●くま川鉄道
湯前線 人吉温泉～湯前 ※代行バス運転中（定期券・回数券の客のみ） ※再開時期未定