JR九州は6月3日、新型コロナウイルスの影響で減便している九州新幹線について、6月13日から通常ダイヤに戻すと発表した。
現在の運転本数は1日につき「みずほ」4本、「さくら」20本、「つばめ」45本の計69本。6月13日からは、すべての定期列車を運転し、「みずほ」16本、「さくら」50本、「つばめ」55本の計121本になる。新八代～宮崎間を結ぶ九州新幹線接続の高速バス「B＆Sみやざき号」も、全便の運転を再開する。
一方、運転間隔の調整のため運転している臨時列車14本は運転を終了。これらの列車の6月13日以降の指定券は無手数料で払い戻すことができる。また、部分運休を実施していた定期列車3本は所定区間での運転に戻す。
JR九州は5月11日以降、山陽・九州新幹線と直通する「みずほ」「さくら」を1時間あたり1本程度まで減らし、九州新幹線内の運転する一部の「さくら」「つばめ」も運転区間の変更や運休を実施。現在の運転本数は通常の7割程度となっている。