7月に入ってからの豪雨による鉄道路線の被害は、九州から東日本へも拡大している。国土交通省が7月9日12時時点の情報としてまとめた、鉄道各線のおもな被害は次の通り。9社が運営する13路線で被害が発生している。
●JR東海
高山本線 飛騨萩原～上呂 土砂流入
高山本線 飛騨一ノ宮～高山 倒木
飯田線 小和田～中井侍 土留壁崩壊
●大井川鉄道
大井川本線 五和～神尾 倒木や土砂流入
大井川本線 神尾駅付近 護岸浸食
●叡山電鉄
鞍馬線 鞍馬～市原 倒木や土砂流入
●JR四国
内子線 五十崎～喜多山 土砂流入
●JR九州
肥薩線 鎌瀬～瀬戸石 球磨川第一橋りょう流出
肥薩線 那良口～渡 第二球磨川橋りょう流出
肥薩線 ※複数駅 線路冠水
久大本線 豊後中村～野矢 第二野上川橋りょう流出
鹿児島本線 隈之城～木場茶屋 築堤崩壊
鹿児島本線 木場茶屋～串木野 土砂流入
鹿児島本線 上伊集院～広木 切取崩壊
日南線 大隅夏井～志布志 切取崩壊
●西日本鉄道（西鉄）
甘木線 古賀茶屋～大城 線路冠水
●平成筑豊鉄道
田川線 崎山～源じいの森 土砂流出や切取崩壊、落石
●肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線 佐敷駅構内 線路冠水
肥薩おれんじ鉄道線 海浦～佐敷 土砂流入
肥薩おれんじ鉄道線 御立岬公園～肥後田浦 道床流出
●くま川鉄道
湯前線 人吉温泉駅構内 線路冠水や土砂流入
湯前線 那良口～渡 球磨川第四橋りょう流出
このほか、7月9日12時時点では、施設の被害が発生していない線区も含め、12社22路線が運転を見合わせているという。