本日7月4日早朝からの大雨の影響で、九州南部の鉄道路線を中心に線路の被害が発生。列車の運休が続いている。
国土交通省や鉄道各社の発表によると、この雨による運休区間は次の通り（7月4日21時30分時点のまとめ）。これ以外の線区でも一部に遅れが出ている。
●JR九州
日豊本線 西都城～国分(宮崎県・鹿児島県）
肥薩線 八代～吉松（熊本県・宮崎県・鹿児島県）
●肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線 全線（熊本県・鹿児島県）
●くま川鉄道
湯前線 全線（熊本県）
●大井川鉄道
大井川本線 全線（静岡県、7月2日から運休中の金谷～新金谷間を含む）
大井川本線は金谷～新金谷間を除き、明日7月5日の始発から運転を再開する予定。肥薩おれんじ鉄道も明日の始発から肥薩おれんじ鉄道線・出水～川内間の運転を再開する予定だが、八代～出水間は「被災現場への立入りが出来ないため、状況の確認が取れておらず復旧の見通しが立っていません」としている。
国土交通省が本日16時に発表したところによると、JRの肥薩線は鎌瀬～瀬戸石間の第一球磨川橋りょうが流出。同線の複数の駅の線路が冠水した。くま川鉄道の湯前線は人吉温泉駅構内で線路冠水と土砂流入が発生。川村～肥後西村間の球磨川第四橋りょうが流出した。球磨川沿いの鉄道路線で甚大な被害が発生している。