JR東海は5月22日、東海道新幹線の6月1日以降の運転計画を発表した。定期列車はすべて運転する。JR西日本も山陽新幹線の運転計画を発表し、6月1日以降は平日の定期列車の運転率を現在の7割から9割に引き上げる。
東海道・山陽新幹線では、新型コロナウイルスの感染拡大による利用者の減少を受け、まず臨時列車が運休。現在は定期列車の本数も大幅に減っている。JR東海とJR西日本は、緊急事態宣言が一部地域で解除されたことや最近の利用傾向を踏まえ、6月1日から運転本数を増やすことにしたという。
東海道新幹線では、「のぞみ」「ひかり」「こだま」定期列車の1日あたりの運転本数を所定の314本（土曜は303本、休日は296本）に戻し、1時間あたりでは「のぞみ」4～6本、「ひかり」2本、「こだま」2～3本を運転する。臨時列車を含めた1日平均の運転本数で前年度2019年度と比較した場合、平日は64本少ない本数になる。
山陽新幹線の定期列車（平日）の1日あたりの運転本数は、「のぞみ」が東海道新幹線からの直通を含む105本、「こだま」「つばめ」が九州新幹線からの直通を含む計69本で、所定の本数に戻る。九州新幹線直通の「みずほ」は4本（運転率25％）、「さくら」は25本（同68％）で、引き続き減便を維持する。「ひかり」も引き続き所定より6本多い37本（運転率119％）とする。これにより全体の運転率は平日で93％まで上昇する。