8月6日からの大雨の影響で運転を見合わせている鉄道各線のうち、再開までに相当な時間がかかる見込みになったのは3社4線区になった。国土交通省や鉄道各社によると、被災状況や再開時期などは次の通り（2025年8月18日21時時点）。
のと鉄道
七尾線：能登中島～穴水
・線路の法面が一部崩落
・能登中島～穴水で代行バス運行中
・運転再開時期は未定
肥薩おれんじ鉄道
肥薩おれんじ鉄道線：八代～肥後田浦
・八代～肥後高田で土砂流入
・肥後高田駅構内で土砂流入
・肥後高田～日奈久温泉で土砂流入と路盤流出
・運転再開まで1カ月以上かかる見込み
JR九州
日豊本線：西都城～鹿児島
・霧島神宮～国分で大規模な築堤崩壊（長さ約20mと約10mの2カ所）が発生
・国分～鹿児島は8月21日に運転再開予定
・西都城～霧島神宮は8月26日に運転再開予定
・霧島神宮～国分は9月下旬より運転再開予定
肥薩線：吉松～隼人
・表木山～日当山で大規模な築堤崩壊（長さ約10m、高さ約10m）が発生
・9月1日から代行バス運行開始予定
・運転再開まで時間かかる見込み
肥薩線は2020年7月の大規模水害で熊本寄りの八代～人吉～吉松が運休中。今回の水害で鹿児島寄りの区間を含む全線が運休になった。八代～人吉は上下分離方式を導入したうえで2033年度に再開する方向で準備を進めているが、人吉～吉松は線区の存廃も含め再開のめどは立っていない。
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