JR西日本とJR九州は8月17日、夏季臨時列車のうち9月に運転する予定だった臨時列車を一部運休すると発表した。JR西日本は「昨今のご利用状況」、JR九州は「新型コロナウイルスの感染症拡大に伴うお客さまのご利用状況」を踏まえたとしている。
JR西日本は山陽新幹線と在来線特急の臨時列車を運休。山陽新幹線では9月18～22日の期間、「さくら」臨時列車25本と「ひかり」臨時列車10本がすべて運休する。在来線では大阪～金沢間の特急「サンダーバード」臨時列車6本が9月19～22日の期間、すべて運休。新大阪～奈良間の臨時特急「まほろば」は運転される。
JR九州は9月18日以降の臨時列車の運転計画を見直した。九州新幹線では「さくら」臨時列車の運転を中止。在来線の臨時特急は「かもめ」「ハウステンボス」「あそ」「はやとの風」の運転を取りやめるほか、中津発→博多行き「きらめき93号」の運転区間を小倉発→博多行きに縮小する。
今年2020年夏の臨時列車は、新型コロナウイルスの感染拡大に伴う緊急事態宣言を受け、一時は全面的な運休が計画された。宣言解除後は順次運転を再開しているが、利用者数は回復していない。JR旅客6社によると、お盆休み最終日の8月16日午後、東海道新幹線の自由席乗車率は最高で50％。東北・上越・北陸・九州の各新幹線も50％以下が目立ったという。