6月29日からの大雨の影響による鉄道各線の運休は西日本から全国に拡大。北陸エリアを中心に線路施設への被害も発生している。7月13日8時30分時点でまとめた各地の運休区間は次の通り。これ以外の線区でも一部列車の運休や遅れが生じている場合がある。
JR北海道
宗谷本線：名寄～稚内
※7月13日は始発から13時ごろまで運休
JR東海
飯田線：飯田～伊那北
中央本線：中津川～木曽福島
高山本線：飛騨金山～飛騨萩原
JR西日本（北陸）
北陸本線：敦賀～小松
※7月13日の運転再開は早くとも午後以降の見込み
高山本線：猪谷～富山
※7月13日は終日運休
氷見線：高岡～氷見
※7月13日は終日運休
城端線：高岡～城端
※7月13日は終日運休
七尾線：金沢～七尾
※7月13日は終日運休
越美北線：福井～九頭竜湖
※7月13日は終日運休
小浜線：小浜～敦賀
あいの風とやま鉄道
あいの風とやま鉄道線：倶利伽羅～高岡
※倶利伽羅～石動で道床流出や土砂崩れが発生
※7月13日は終日運休
IRいしかわ鉄道
IRいしかわ鉄道線：金沢～倶利伽羅
※線路に異常を発見
※7月13日は終日運休
えちぜん鉄道
勝山永平寺線：全線
※線路冠水などの被害が発生
三国芦原線：西長田ゆりの里～三国港
JR西日本（近畿・中国）
山陰本線：浜坂～鳥取～益田
※7月13日の運転再開は午後以降の見込み
因美線：鳥取～智頭
※7月13日の運転再開は午後以降の見込み
伯備線：新見～米子
※7月13日の運転再開は午後以降の見込み
境線：米子～境港
※7月13日の運転再開は午後以降の見込み
木次線：宍道～備後落合
※7月13日の運転再開は午後以降の見込み
山陽本線：小野田～厚狭
※盛土の一部に亀裂が発生
※7月13日から代行バス運転
美祢線：厚狭～長門市
※橋梁の倒壊や土砂流入など
※復旧の見通し立っておらず
※代行バス運行中
山陰本線：長門市～小串
※橋梁の傾斜や土砂流入など
※復旧の見通し立っておらず
※代行バス運行中
JR九州
久大本線：久留米～日田
※久留米～善導寺は7月14日からの運転再開に向け作業中
久大本線：豊後森～由布院
※代行バス運行中
※運転再開は7月下旬の予定
《関連記事》
・えちぜん鉄道の観光列車「恐竜列車」運行開始日やダイヤ決定 静岡鉄道の車両を改造
・京都丹後鉄道「キハ85系」今後の予定など明らかに JR東海の特急気動車、どう活用？