JR東日本は5月22日、新幹線と中央線・常磐線特急の5月28日以降の運転計画を変更すると発表した。5月13日に発表していた定期列車の減便計画は中止し、指定席の発売数を制限する。
東北・上越・北陸・秋田・山形新幹線と中央線・常磐線特急は現在のダイヤのまま運転。北海道新幹線は一部の列車が新青森～新函館北斗間で運転を取りやめる。新幹線の最上級席「グランクラス」は当面のあいだ、サービス中止を継続する。
指定席の発売日は当面のあいだ、2週間ごとに発売。5月28日～6月10日運転分は5月23日から発売し、6月11～24日運転分は6月4日から、6月25日～7月8日運転分は6月18日から発売する。いずれも発売初日は5時30分から発売を開始するが、発売時刻が前倒しされる場合もある。
また、実際に発売する指定席数を制限。東北新幹線「はやぶさ」「はやて」と秋田新幹線「こまち」、北陸新幹線「かがやき」は、普通車指定席で定員の6割程度、グリーン車で定員の5割程度を上限にして発売する。同社は換気装置などによる換気や消毒を徹底しているとしつつ、発売数を抑えることで車内混雑を緩和して安心して利用できるようにするとしている。
JR西日本も5月28日から実施する予定だった運転計画の見直しを中止。「かがやき」「はくたか」は5月28日以降も所定の本数で運転され、「つるぎ」のみ所定より7本少ない29本での運転を継続する。指定席の発売日や発売数の制限などはJR東日本と同じだ。
JR東日本とJR西日本の2社は5月13日、JR東日本の新幹線と在来線の中央線・常磐線特急、JR西日本の北陸新幹線について、5月28日から運転本数の2～4割を運休する大幅な減便を実施すると発表していた。2社は新型コロナウイルス緊急事態宣言の一部解除などによる利用状況を受け、減便を中止することにした。