JR九州は4月21日、ゴールデンウィーク期間中の5月2～6日の5日間、在来線の特急列車をすべて運休すると発表した。九州新幹線を除き、一時的ながら快速・普通列車だけの運転になる。
「ハウステンボス」「ゆふ」「かいおう」は、期間中の全便140本の運休がすでに発表されている。「かもめ」「みどり」「ソニック」「きらめき」「にちりん」「きりしま」「ひゅうが」はこれまで一部列車のみ減便すると発表されていたが、これも全便減便となり、1262本が運休する。
これにより、5月2～6日に運転される予定だった定期・臨時の在来線特急1402本は、すべて運休になる。このほか、5月1日も車両運用上の都合から「かもめ」2本と「みどり」1本、「ソニック」2本、「きりしま」1本が運休する。
日豊本線の大分県・宮崎県の県境区間の運転本数（定期列車）は、特急列車が下り6本、上り8本なのに対し、普通列車は下り1本（朝のみ）、上り2本（朝と夜にそれぞれ1本）しか運転されておらず、鉄道を使った両県間の移動が事実上困難になる。このためJR九州は5月2～6日の期間中、県境区間を含む佐伯～延岡間で臨時快速を1日3往復走らせる。
JR九州は「（新型コロナウイルスの）緊急事態宣言が全国へ拡大され、特にゴールデンウィークにおいて、不要不急の帰省や旅行など、県をまたいで移動することを避けるよう要請があった」として、在来線特急の全便運休に踏み切ることにしたとしている。
※日豊本線の臨時快速について追記、修正しました（2020年4月22日16時45分）