JR東日本は9月18日、新型コロナウイルスの影響により指定券の発売を見合わせていた10月1日～11月30日の臨時列車について、一部を除き運行すると発表した。指定券はあす9月19日から発売される。
JR東日本は10月1日～11月30日の期間中、計1113本の臨時列車の運行を計画していた。このうち新幹線690本と在来線特急348本の運行が決まった。一方、北陸新幹線「かがやき」臨時列車の一部、在来線特急「富士回遊」や「スペーシアきぬがわ」（一部）、「ときわ」臨時列車など新幹線36本と在来線特急39本は運行を取りやめる。
なお、北陸新幹線「かがやき」は10月29日まで、中央線特急「富士回遊」は10月31日までの運行または運休の決定分で、それ以降の分は改めて案内される。
運行が決まった臨時列車の指定券は、9月19日の5時30分から発売を始める。10月19日以降運行分の列車は運行日の1カ月前10時からの発売になる。
このほか、JR北海道は9月18日、11月の運行が計画されていた東北・北海道新幹線「はやぶさ」臨時列車の上下計3本について、運行区間を東京～新青森間に短縮し、新青森～新函館北斗間は運休すると発表した。この臨時「はやぶさ」に接続する函館本線の臨時快速「はこだてライナー」上下計3本も運休する。